土地倘屬部分劃入河川區，地政機關會在登記簿其他登記事項欄註記部分位屬其他分區，另依水利法第82條規定：「水道治理計畫線或堤防預定線內之土地，經主管機關報請上級主管機關核定公告後，得依法徵收之；未徵收者，為防止水患，並得限制其使用但不得逕為分割登記。」，所以為維護土地所有權人之權益，經公告劃入河川區域內私有土地，但尚未徵收前，主管機關不得逕為分割，故河川區範圍內之土地原則上不能由政府機關逕為辦理分割，但是土地所有權人得向轄區地政事務所申請，並由水利主管機關會同確認界線範圍，據以辦理分割事宜，以瞭解在河川區範圍內之土地面積與位置。